La biodigestión es el trabajo coordinado de comunidades microbianas en ausencia de oxígeno. Materia orgánica entra; biogás y digestato salen. El reto técnico es sostener esas comunidades en condiciones estables.

Polímeros (carbohidratos, lípidos, proteínas) se rompen en monómeros solubles.
Monómeros se convierten en ácidos grasos volátiles, alcoholes, H₂ y CO₂.
Ácidos grasos a ácido acético, H₂ y CO₂ — sustrato para la siguiente etapa.
Arqueas metanogénicas producen CH₄ a partir de acetato y de H₂/CO₂.
Rango mesofílico (~35 °C) o termofílico (~55 °C); estabilidad por encima de pico.
Cerca de neutro; las metanogénicas son sensibles a acidificación.
Días de residencia hidráulica/sólida según sustrato.
Materia orgánica por volumen de reactor por día — sin sobrecargar.
Contacto sustrato-microorganismo; evita estratificación y costras.
Amoniaco, sulfuros, metales pesados — control por dieta y monitoreo.
Las lagunas cubiertas y los reactores CSTR son los dos biodigestores más usados para aprovechar biogás. Ambos cumplen la misma función general, pero se aplican en contextos distintos y ofrecen diferentes niveles de control, inversión y estabilidad operativa.
Solución muy utilizada en proyectos agropecuarios —granjas porcinas, establos y operaciones con grandes volúmenes de efluentes líquidos. Una laguna anaerobia cubierta con membrana flexible captura el biogás durante la descomposición.
Su popularidad viene de ser un sistema simple, de menor inversión inicial y adecuado para sitios con terreno disponible. Operación sencilla y de bajo consumo energético, aunque la producción puede variar con la temperatura ambiente, la carga orgánica y las condiciones del sustrato.
El CSTR (Continuous Stirred Tank Reactor) es un biodigestor cerrado en el que la biomasa se alimenta de forma continua o semicontinua, mientras se mantiene mezclada mediante un sistema de agitación.
Permite controlar con precisión temperatura, mezcla, pH, carga orgánica y tiempo de retención. La producción de biogás resulta más estable y predecible — clave cuando el gas se destinará a procesos de mayor exigencia técnica como la producción de biometano. Es la base ideal para esquemas de codigestión.
No se trata de definir una como mejor que la otra. La selección depende del tipo de residuo, el espacio disponible, el presupuesto, la infraestructura existente y el uso final del gas.
El tipo de biodigestor depende del residuo y de su disponibilidad.